Owczarki podhalańskie to psy, które są bardzo odporne na wszelkiego rodzaju choroby i dolegliwości. Jako, że miejscem ich pracy i chowu są zazwyczaj tereny górskie, są dobrze przystosowane do pracy i życia w trudnych warunkach. Niemniej, równie dobrze radzą sobie na terenach nizinnych i w miastach.
Rasa cierpi jednak z powodu kilku przypadłości, które są w dużej mierze warunkowane genetycznie i niezależne od sposobu życia i miejsca przebywania zwierzęcia. Do tego typu chorób możemy zaliczyć bez wątpienia dysplazję stawów biodrowych i stawów łokciowych.
Owczarek podhalański jako jedna z nielicznych, etnicznie polskich ras rozmnażane są pod patronatem Polskiego Towarzystwa Kynologicznego. W wyniku naturalnej selekcji polegającej na odrzuceniu z rozrodu okazów z wadami i chorobami genetycznymi zostają wybrane osobniki, które łączą się w pary i pozwalają na przedłużenie życia rasy. Psy poddawane są specjalnej klasyfikacji pod względem prawdopodobieństwa zachorowania na dysplazję. Psy należące do klasy A i B (czyli te bez defektów genetycznych i z małym prawdopodobieństwem ich występowania) oraz suki z klas A, B i C (czyli z lekką dysplazją) są ze sobą kompilowane.
Dysplazja objawia się kulawizną przednich kończyn i zazwyczaj występuje już u szczeniąt. Aby zapobiec nawarstwianiu się problemu należy wprowadzić do diety psa odpowiednie składniki odżywcze, które zawierają witaminy i minerały budujące warstwę kostną. Większość składników mineralnych znajdziemy w suchym pokarmie i suplementach diety, które dostępne są we wszystkich sklepach zoologicznych.
Owczarek podhalański, jako pies rasy dużej, może cierpieć z powodu skrętów żołądka i jego nadmiernego rozszerzenia. Właściciele muszą utrzymywać stałą dietę psa i nie doprowadzić do sytuacji, w której Podhalańczyk otrzymywałby zbyt duże racje żywnościowe. Psy ze swojej natury są niezwykle łapczywe i pochłaniają wszystko, co wpadnie im do miski.
Oprócz dolegliwości kostnych i żołądkowych możemy spodziewać się również chorób oczu. Entropium i ektropium to dolegliwości właściwe dla ras, które mają dużo opadającej skóry w okolicach oczu. Entropium to innymi słowy podwinięcie powieki, zaś ektropium wywinięcie jej na zewnątrz. Oba schorzenia wymagają interwencji chirurgicznej. Nieleczone prowadzą do zaburzeń wzroku psa.
Aby Owczarek podhalański pozostawał w dobrym zdrowiu przez długie lata, właściciel powinien stosować się do pewnych zaleceń i dbać o jadłospis psa. Pierwszą, najważniejszą rzeczą są regularne kąpiele i czesanie czworonoga. Dzięki temu unikniemy zakażeń skórnych i bakteryjnych, które są powodowane przez kleszcze i inne pasożyty. Dieta psa musi być urozmaicona; już od pierwszych miesięcy należy przyzwyczajać czworonoga do jedzenia mięsa i podawać mu tartą marchew i jabłka. Tłuszcze i słodycze powinny być ograniczane do minimum, zaś surowa wątroba praktycznie wyrzucona z diety.